2003թ-ից ի վեր ԵԴԱԻ-ն համագործակցում է հետևյալ կառույցների հետ.
ՀՀ Առողջապահության նախարարություն,
ՀՀ Կրթության, գիտության, մշակույթի և սպորտի նախարարություն,
ՀՀ Աշխատանքի և սոցիալական հարցերի նախարարություն,
տեղական առողջապահական կառույցներ և բուժհաստատություններ,
Առողջապահության համաշխարհային կազմակերպություն (ԱՀԿ),
ՄԱԿ-ի մանկական հիմնադրամ (UNICEF),
ՄԱԿ-ի բնակչության հիմնադրամ (UNFPA),
Առաքելություն Արևելք Հայաստան,
Հայաստանի մանուկներ հիմնադրամ,
ԱՄՆ միջազգային զարգացման գործակալություն,
ՄԱԿ-ի ՄԻԱՎ/ՁԻԱՀ-ի հարցերի համատեղ ծրագիր (UNAIDS),
գիտության և մշակույթի կազմակերպություն (ԿՏՏԻ ՅՈՒՆԵՍԿՕ),
առողջապահության ոլորտում գործող այլ տեղական և միջազգային կազմակերպություններ: