«Արաբկիր» ԲՀ-ԵԴԱԻ կառավարման մարմիններն են ընկերության մասնակիցների ընդհանուր ժողովը, կառավարման խորհուրդն ու գործադիր մարմինը` տնօրենը:
Մասնակիցների ընդհանուր ժողովը կառավարման բարձրագույն մարմինն է և ունի ընկերության գործունեության ցանկացած հարցի վերջնական լուծման իրավունք:
Կառավարման խորհուրդն իրականացնում է ընկերության ընդհանուր կառավարումը` բացառությամբ այն հարցերի, որոնք կանոնադրությամբ վերապահված են ժողովի բացառիկ իրավասությանը: Խորհուրդն ունի 5 անդմամ, որոնք ընտրվում են մասնակիցների ընդհանուր ժողովում, ձայների մեծամասնությամբ 5 տարի ժամկետով: Կառավարման խորհուրդն ընդունում է ներքին իրավական ակտեր, որոշումներ և այլն: «Արաբկիր» ԲՀ-ԵԴԱԻ կառավարման խորհրդի նախագահն ու գիտական ղեկավարը Արա Սայենի Բաբլոյանն է` մանկական վիրաբույժ-ուրոլոգ, բժշկական գիտությունների դոկտոր, պրոֆեսոր:
Ընկերության տնօրենն իրականացնում է Ընկերության ընթացիկ գործունեության ղեկավարումը: Տնօրենը հաշվետու է ընդհանուր ժողովին և կառավարման խորհրդին: «Արաբկիր» ԲՀ-ԵԴԱԻ տնօրենը Արման Արայի Բաբլոյանն է` ստոմատոլոգ, առողջապահության կազմակերպիչ:
